نمونه برداری اولین قدم از فرآیند کروماتوگرافی مسطح است و به طور قابل توجهی کیفیت نتیجه در پایان کار را تحت تاثیر قرار می‌دهد.

در این مرحله انتخاب تکنیک کار و دستگاه مورد نیاز بستگی به الزامات مشخص بر مبنای دقت، حجم نمونه، تعداد تحلیل ها و میزان اتوماسیون مورد نظر کاربر دارد.